Nattokinaza jest cennym środkiem w profilaktyce i leczeniu chorób sercowo-naczyniowych. Nattokinaza jest stosowana głównie ze względu na swoje działanie przeciwzakrzepowe (rozpuszczające skrzepy krwi). Ponadto wpływa na obniżanie poziomu cholesterolu: Pomaga redukować stężenie trójglicerydów i „złego” cholesterolu LDL, jednocześnie podnosząc poziom „dobrego” cholesterolu HDL. A także reguluje ciśnienie krwi - hamuje aktywność enzymu konwertazy angiotensyny (ACE), co prowadzi do obniżenia ciśnienia krwi.